De stichting voert tot op heden jaarlijks ongeveer 42  audits uit en vanaf 2023 zullen er jaarlijks 62 audits uitgevoerd gaan worden. De audit betreft een administratieve controle waarbij de werkwijze voor beheer, organisatie en administratie wordt getoetst. Bij een audit wordt beoordeeld of de werkwijze zoals omschreven in het kwaliteitshandboek ook daadwerkelijk door de beheerder wordt nageleefd en of aan de eisen van het Programma van Eisen wordt voldaan.  De stichting voert tijdens de audit geen veldcontrole uit. Voor borging van de natuurkwaliteit in het veld zijn de monitoring en het voortgangsgesprek tussen de provincie en de beheerder de instrumenten binnen het SNL.

Audits zijn niet uitsluitend een controle, maar bevestigen ook datgene wat de gecertificeerde organisatie of beheerder al goed doet. Daarnaast is de audit ook een belangrijk leermoment en biedt input voor het verbeteren van de organisatie en/of de processen.

De stichting hanteert een auditfrequentie van tenminste eens per 3 jaar. Nieuwe collectieven worden in de beginfase vaker geaudit. De auditfrequentie bij particuliere natuurbeheerders wordt afgestemd met de provincie. Voordat een audit plaatsvindt, informeert de stichting de gecertificeerde over de voorbereiding en de procedure.

Wanneer wordt geconstateerd dat het kwaliteitssysteem op orde is, wordt besloten tot behoud van het certificaat.

Als bij een audit blijkt dat het kwaliteitssysteem niet voldoet aan het Programma van Eisen, wordt een tekortkoming toegekend. Om het certificaat te kunnen behouden dient de tekortkoming te worden opgelost. De stichting maakt onderscheid tussen major- en minor tekortkomingen.

Er wordt een major tekortkoming toegekend wanneer de bedrijfsvoering van de beheerder naar het oordeel van de stichting op een wezenlijk onderdeel met betrekking tot de kwaliteitscyclus niet voldoet aan het Programma van Eisen. De beheerder dient een major tekortkoming op korte termijn op te lossen om het certificaat te kunnen behouden. In het algemeen geldt hiervoor een hersteltermijn van 6 weken, tenzij sprake is van specifieke omstandigheden. De stichting kan op verzoek van de beheerder een ruimere hersteltermijn bepalen.  Na de geboden hersteltermijn vindt opnieuw een beoordeling plaats en wordt besloten of het certificaat behouden kan blijven.

Een minor tekortkoming wordt toegekend wanneer de bedrijfsvoering van de beheerder naar het oordeel van de stichting op een onderdeel nog niet geheel voldoet aan het Programma van Eisen, maar de kwaliteitscyclus vooralsnog niet ernstig in het geding is. De beheerder dient het herstel van een minor tekortkoming zo snel mogelijk op te pakken, zodat zijn kwaliteitsborging weer op orde is. Bij een volgende audit door de stichting wordt getoetst of de minor tekortkoming is opgelost.